Добрый день! Спасибо за вопрос.

На самом деле, если развернуть вопрос, то на него будет легче отвечать. Я так понимаю речь идёт про Unity? Если да, то однозначено C#. Дело в том, что поддержка JavaScript будет всё хуже и хуже в будущем (именно со стороны Unity) так, как уже сейчас, большая часть примеров в интернете, и уже тем более от самих Unity написанна на C#.

Я выделю плюсы и того, и того языка и как в Unity, так и в общем.

C# (CSharp):

• Имеет обширную .Net библиотеку.
• В нём более удобное ООП, что позволяет разрабатывать большие приложения, удобным способом.
• В будущем можно перебратья в нишу ASP.Net разработчиков
• Огромное колличество учебных материалов.

JavaScript:

• Используется не только в Unity но и в Вебе.
• Сейчас юнити двигается в сторону WebGL, где основной язык программирования - JavaScript.

Также хочу заметить, что JavaScript в Unity, не похож на распространёный из-за того, что в Unity программирование ведётся в рамках конечного автомата. А вот в том же вебе, это не так распространено, да и большенство кода там, это операция с DOM.

Я однозначено посоветую C#, и наш бесплатный видеокурс по нему - http://learn.indiecamp.ru/course/3